Pasi penguan komplotin e mëparshëm të Bowser për t'u martuar me Princeshën Peach, Mario dhe Luigi tani përballen me një kërcënim të ri në Bowser Jr., i cili është i vendosur të çlirojë babanë e tij nga robëria dhe të rivendosë trashëgiminë e familjes. Së bashku me shokët e rinj dhe të vjetër, vëllezërit udhëtojnë nëpër yje për të ndaluar kryqëzatën e trashëgimtarit të ri.