Sonic, Knuckles dhe Tails ribashkohen kundër një kundërshtari të ri të fuqishëm, Shadow, një zuzar misterioz me fuqi të ndryshme nga çdo gjë me të cilën janë përballur më parë. Me aftësitë e tyre të tejkaluara në çdo mënyrë, Ekipi Sonic duhet të kërkojë një aleancë të pamundur me shpresën për të ndaluar Shadow dhe për të mbrojtur planetin.