Alex, Marty dhe kafshë të tjera të kopshtit zoologjik gjejnë një mënyrë për të ikur nga Madagaskari kur pinguinët ribashkojnë një aeroplan të shkatërruar. Anija e riparuar në mënyrë të pasigurt qëndron në ajër për aq kohë sa për të arritur në kontinentin afrikan. Atje njujorkezët ndeshen për herë të parë me anëtarë të llojit të tyre. Afrika rezulton të jetë një vend i egër, por Alex dhe kompania pyesin veten nëse është më mirë se shtëpia e tyre në Central Park.