Dhjetë vjet pas Luftës së Katërt të Gralit të Shenjtë, një përplasje shkatërruese midis Zotërve dhe Shërbëtorëve, shpërthen një luftë tjetër. Shirou Emiya, babai i së cilës luftoi në betejën e parë, po bënte një jetë paqësore me Sakura Matou-n e përzemërt. Por kur forcat e fshehura fillojnë të trazohen, Shirou vendos të përmbushë dëshirën e vdekjes së babait të tij, të mbrojë Sakurën dhe të luftojë për Graalin e Shenjtë.